Đại hội Hiệp hội Vườn quốc gia và Khu bảo tồn thiên nhiên Việt Nam lần thứ nhất ngày 29/11/2006 đã thông qua Phương hướng hoạt động của Hiệp hội giai đoạn 2006 - 2010 với các nội dung chính sau đây.

I. Xây dựng, củng cố, hoàn thiện hệ thống tổ chức của Hiệp hội từ Trung ương đến cơ sở
1.    Thành lập Văn phòng của Hiệp hội (hoàn thiện trong 3 tháng)
-    Xây dựng quy chế làm việc của Văn phòng
-    Củng cố trụ sở văn phòng Hiệp hội như: mua sắm các thiết bị văn phòng, hệ thống thông tin…
-    Tuyển dụng cán bộ
2.    Xây dựng cơ chế tạo nguồn tài chính và quản lý tài chính của Hiệp hội bảo đảm cho Hiệp hội có đủ tài chính hoạt động.
3.    Thành lập Hội đồng khoa học của Hiệp hội
4.    Xây dựng các Hội địa phương và các Trung tâm trực thuộc Hiệp Hội .  

II. Công tác quần chúng

1.    Tuyên truyền và phổ cập rộng rãi trong Hiệp hội và trong quần chúng nhân dân ý thức, trách nhiệm về bảo vệ và phát triển các Vườn quốc gia và Khu Bảo tồn thiên nhiên, bảo tồn đa dạng sinh học , bảo tồn các loài động, thực vật quý hiếm của nước ta.
2.    Tập hợp sự tham gia rộng rãi của cán bộ và cộng đồng dân cư trong vùng đệm của các VQG và KBTTN  trong công tác quản lý, bảo vệ các VQG và KBTTN.
3.    Tuyên truyền, phổ biến thường xuyên và kịp thời các văn bản pháp luật, các văn bản dưới luật, đường lối chính sách của Đảng, Chính phủ, các Bộ, Ngành về quản lý và bảo vệ các VQG và KBTTN cho các tầng lớp nhân dân .

III. Công tác tư vấn

1.    Tư vấn cho các cơ quan nhà nước về chiến lược bảo vệ và phát triển các VQG và KBTTN trong giai đoạn trước mắt và lâu dài .
2.    Tư vấn cho các cơ quan nhà nước trong việc hoạch định chính sách bảo tồn ĐDSH, đặc biệt là bảo tồn loài động thực vật quí hiếm và các hệ sinh thái độc đáo, các chính sách đầu tư và phát triển vùng đệm.
3.    Tham gia vào công tác phản biện các dự án phát triển kinh tế xã hội có liên quan đến hệ thống các VQG và KBBTN.

IV. Công tác nghiên cứu khoa học và đào tạo

1.    Hiệp hội không ngừng nâng cao trình độ chuyên môn và khả năng tổ chức nghiên cứu khoa học của các hội viên thông qua qua các  khoá tập huấn, các hội thảo khoa học, các báo cáo chuyên đề.
2.    Xây dựng các mô hình cộng đồng tham gia quản lý các VQG và KBTTN.
3.    Tăng cường quan hệ với các Trung tâm đào tạo, các trường đại học, các viện nghiên cứu nhằm bồi dưỡng, đào tạo cán bộ cho các VQG và KBTTN.
4.    Đặt nền móng cho việc xây dựng Trung tâm đào tạo Quốc gia về Bảo tồn thiên nhiên.

V. Công tác xuất bản và thông tin tư liệu

1.    Tổ chức biên soạn và xuất bản các tài liệu, ấn phẩm về VQG và KBTTN, chú trọng các tài liệu phục vụ cho công tác bảo tồn đa dạng sinh học, giáo dục môi trường và du lịch sinh thái.
2.    Xây dựng trang web giới thiệu hệ thống VQG và KBTTN và liên kết với trang web của từng VQG và KBTTN, với Cục Kiểm lâm, Cục bảo vệ môi trường, Cục Khai thác và Bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản…..

VI. Hợp tác quốc tế

1.    Mở rộng quan hệ hợp tác với Hội các VQG Nhật Bản, Trung Quốc, Liên hiệp các VQG Châu Âu, và Hội các vườn quốc gia của các nước ASEAN như Thái Lan, Malaysia, Indonesia trong lĩnh vưc đào tạo cán bộ, trao đổi  kinh nghiệm về quản lý và bảo tồn các VQG , phát triển du lịch sinh thái và giáo dục môi trường.
2.    Phát triển các mối quan hệ song phương giữa các Vườn quốc gia Việt Nam và các Vườn quốc gia trên thế giới và khu vực thông qua hình thức kết nghĩa, tham quan và trao đổi.

VII. Lệ phí và hội phí được nhất trí biểu quyết tại đại hội với 100% số đại biểu tham dự tán thành như sau:

1.    Đối với các hội viên là đơn vị có tư cách pháp nhân, phí gia nhập 1 lần là 01 triệu đồng (Một triệu đồng chẵn); hội phí hàng năm là 1.200.00đ/năm (Một triệu hai trăm nghìn đồng chẵn).
2.    Đối với các hội viên là cá nhân như các nhà khoa học, nhà quản lý…nộp lệ phí gia nhập 01 lần là 100.000đ (Một trăm nghìn đồng), hội phí là 120.000đ/năm (Một trăm hai mươi nghìn đồng).